2) การใช้สารเคมีในปริมาณที่มากกว่ามาตรฐานกำหนด เช่น โซเดียมหรือโพแทสเซียมไนเทรต และโซเดียมหรือโพแทสเซียมไนไทรต์ ส่งผลให้คุณภาพของผลิตภัณฑ์ปลาส้มไม่ได้มาตรฐานและไม่ปลอดภัยต่อสุขภาพของผู้บริโภค

              นอกจากนี้ การผลิตปลาส้มเป็นการหมักโดยใช้จุลินทรีย์ตามธรรมชาติที่มักให้ผลิตภัณฑ์ที่มีคุณภาพไม่สม่ำเสมอ เนื่องจากไม่มีการควบคุมชนิด จำนวนของจุลินทรีย์ที่มีบทบาทในการหมักแต่ละครั้งของการผลิต และไม่มีการควบคุมปัจจัยภายนอกระหว่างการหมัก เช่น น้ำที่ออกมาจากปลาส้มจะขุ่น มีฟองมาก กลิ่นเหม็น เนื้อปลายุ่ย และมีกลิ่นข้าวบูด ซึ่งอาจเกิดจากการปนเปื้อนของจุลินทรีย์ชนิดอื่นที่ไม่เหมาะสมแก่การผลิตปลาส้ม หรือจุลินทรีย์ชนิดที่เป็นอันตรายต่อสุขภาพของผู้บริโภค ปัญหาเหล่านี้จึงมีผลต่อความปลอดภัยและความสูญเสียด้านเศรษฐกิจ อีกทั้ง ปลาส้มยังเป็นสินค้าที่มีอายุการเก็บรักษาสั้น ทำให้การขยายตลาดเป็นไปได้ค่อนข้างช้า (มาโนชญ์, 2548) ซึ่งการตรวจหาจำนวนจุลินทรีย์ในผลิตภัณฑ์ปลาส้มจากแหล่งต่างๆ ได้ผลดังตารางที่ 2

              ตารางที่ 2 จำนวนโดยเฉลี่ยของจุลินทรีย์ทั้งหมดและแบคทีเรียแลกติกที่ตรวจพบในผลิตภัณฑ์ปลาส้ม (หมักได้ 3 วัน)