ซาโปนินที่เกิดสารประกอบเชิงซ้อนเป็นไมเซลล์ร่วมกับสเตอรอล เช่น คอเลสเตอรอลและกรดน้ำดีถูกนำมาใช้แยกคอเลสเตอรอลออกจากผลิตภัณฑ์นม เช่น น้ำมันเนย (butter oil) ซึ่งปฏิกิริยาระหว่างซาโปนินกับเยื่อหุ้มเซลล์สามารถเกิดการตกตะกอนกับไขมันที่เยื่อหุ้มเซลล์ของหางนมภายหลังที่ทำเนยแล้วได้  ซาโปนินยังนำมาใช้เพิ่มคุณสมบัติการไม่ชอบน้ำของเยื่อหุ้มเซลล์ของไขมันเพื่อช่วยในการจับกลุ่มและตกตะกอนเป็นสารประกอบเชิงซ้อน (Guclu-Ustundag, O.  and Mazza, G., 2007) นอกจากนี้ซาโปนินจากใบหรือเมล็ดของพืชตระกูลถั่วใช้เป็นอาหารหรือสารเติมแต่งในอาหารของสัตว์เคี้ยวเอื้อง เช่น ปัจจุบันมีการใช้ซาโปนินที่สกัดจาก yucca (yucca saponin) และ quillaja (quillaja saponin) ในอาหารสัตว์และคนโดย yucca saponin ใช้เป็นสารเติมแต่งในอาหารสัตว์เพื่อลดกลิ่นแอมโมเนียและกลิ่นมูลสัตว์ ในสัตว์เคี้ยวเอื้องซาโปนินมีคุณสมบัติต้านการทำงานของโปรโตซัวโดยเกิดสารประกอบเชิงซ้อนร่วมกับคอเลสเตอรอลในโปรโตซัวและยับยั้งการทำงานของแบคทีเรียบางชนิดในกระเพาะ ทำให้แอมโมเนียเกิดน้อยลง yucca saponin ยังใช้ป้องกันและรักษาโรคไขข้ออักเสบในม้าและซาโปนินยังช่วยการดูดซึมไขมันโดยเกิดเป็นไมเซลล์ร่วมกับเกลือน้ำดี (bile salts) ทำให้คอเลสเตอรอลในลำไส้เล็กลดลง  ส่วน quillaja saponin ถูกใช้เป็นสารเติมแต่งในวัคซีนสัตว์ เพื่อเพิ่มความต้านเชื้อโรคโดยการฉีด ซึ่งซาโปนินจะมีผลต่อระบบเยื่อหุ้มเซลล์ (Cheeke, RP., 2000)