ไบโอดีเซลมีที่มาจากพืชหรือสัตว์ สามารถหาทดแทนได้ด้วยการปลูกหรือเลี้ยงใหม่ แต่น้ำมันดีเซลเป็นสิ่งที่ได้มาจากการกระทำของธรรมชาติโดยตรง อาจจะต้องใช้เวลาหลายล้านปีจึงจะได้เป็นน้ำมันดีเซล ขั้นตอนการผลิตไบโอดีเซลต้องใช้สารเคมีชนิดต่างๆ เข้ามาร่วมด้วย รวมทั้งการใช้เอนไซม์ซึ่งต้องอาศัยปฏิกิริยาทางเคมีหรือชีวเคมี  แต่การผลิตน้ำมันดีเซลต้องใช้การขุดเจาะไปใต้ดินเพื่อนำน้ำมันดิบมากลั่นเป็นน้ำมันชนิดต่างๆ ประเทศไทยไม่มีแหล่งในการขุดเจาะน้ำมันที่เพียงพอต่อการใช้งาน จึงจำเป็นต้องพึ่งพาการนำเข้ามาจากต่างประเทศ ดังนั้นราคาน้ำมันดีเซลอาจมีการผันผวนได้ขึ้นกับตลาดต่างประเทศ แต่สำหรับไบโอดีเซลนั้นสามารถผลิตได้เองในประเทศ ทำให้สามารถที่จะควบคุมราคาของน้ำมันไบโอดีเซลได้ง่ายกว่าน้ำมันดีเซล สมบัติของไบโอดีเซล พบว่ามีค่าทางการไหลและการเผาไหม้ที่คล้ายกับน้ำมันดีเซล ซึ่งสามารถนำมาใช้แทนน้ำมันดีเซลหรือสามารถนำมาผสมกับน้ำมันดีเซลและใช้ในเครื่องยนต์ได้ เมื่อใช้ไบโอดีเซล 100% จะให้พลังงานเท่ากับ 90% ของน้ำมันดีเซล โดยสามารถใช้กับเครื่องยนต์ดีเซลปกติได้ การเปรียบเทียบค่าต่างๆ ตามมาตรฐานของ ASTM ของน้ำมันดีเซลและไบโอดีเซล พบว่าไบโอดีเซลมีปริมาณกำมะถันน้อยกว่าน้ำมันดีเซล ไบโอดีเซลมีกำมะถันเป็น 20-50% ของน้ำมันดีเซล D2 ไบโอดีเซลจากไขสัตว์มีค่าการหล่อลื่นดีกว่าน้ำมันปิโตรเลียม โดยพบว่าค่าการหล่อลื่นมาจากการมีกรดไขมันไม่อิ่มตัวในปริมาณมาก และยังขึ้นอยู่กับปริมาณของ hydroxylated ester และปริมาณกลีเซอรีนอิสระ (free glycerin) นอกจากนี้ยังพบว่าความหนืดของน้ำมันดีเซลจุดวาบไฟ น้ำหนัก และความหนาแน่นของไบโอดีเซลมีค่ามากกว่าน้ำมันดีเซล (Lotero, E., et al., 2005)

              เนื่องจากไบโอดีเซลมีอยู่ด้วยกัน 3 ชนิดคือ ไบโอดีเซล B5 B20 และ B100 ซึ่งทั้ง 3 ชนิดจะมีสมบัติทางฟิสิกส์และสมบัติทางการเผาไหม้ที่แตกต่างกันรวมทั้งค่าการปลดปล่อยของเสียสู่สิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกัน ดังแสดงในตารางที่ 3

ตารางที่ 3 เปรียบเทียบสมบติการปลดปล่อยของเสียสู่สิ่งแวดล้อมของไบโอดีเซล B100 กับ B20